Alors tres basiquement normalement tu doit avoir deux partition au début de ton disk une pour windows et un autre pour linux
apres tout le reste peut etre partitionner comme tu le veux mais il faudrat une deuxieme partition pour linux pour le swap.
Pour ce qui est de l'ordre d'installation et des probleme de boot, ton probleme vien du fait que pour gerer deux systeme on utilise ce que l'on appelle un bootloader, ce petit programme s'install dans une portion spécial du disk appellé le MBR ce MBR peut soit contenir un petit programme soit contenir une instruction toute bete qui redirige vers la premiere partition.
Si tu install linux il va mettre GRUB (un bootloader) dans le MBR celui ci te permetra de lancé soit linux soit windows. Mais si tu réinstall windows bien souvent ce con va ecraser le MBR avec la séquence pour booter sur la premiere partition. La solution dans ces cas la est normalement de retourner sous linux pas un moyen quelconque (par exemple un live CD) et de prendre le controlle du linux qui est déja existant sur le disk pour réinstaller les bootloader dans le MBR ...
Voila 