Merci Rol
Pour les nuages ( tout simple ) :
Filtres
rendu
nuages ( en noir et blanc )
Ensuite tu effaces la partie noire ( avec sélection > plage des couleurs ) ou à la baguette magique, enfin il y a pleins de solution 
Et pour finir tu passes le calque en superposition.
Pour l'eau ( encore plus simple ) :
Avec le pinceau flou blanc 